国上寺の僧侶たちの4つの塔頭（たっちゅう）のひとつで、国上寺を再興した萬元上人（ばんげんしょうにん）のための庵として作られました。
1797年、良寛40歳の頃からおよそ20年間過ごしました。

国上山の中腹に位置しており、座禅の行の実践場で、ここを拠点に托鉢行脚に出かけました。
“五合庵”の名前は、萬元上人が毎日米五合に相当する手当を給されていたことに由来されています。

現在の庵は大正3年（1914年）に再建されたものです。